Tín ngưỡng thờ Mẫu Tam phủ, một hình thức thờ cúng người mẹ hóa thân ở các miền trời, sông nước, rừng núi, hình thành và phát triển mạnh mẽ, các vị thần trong điện thần tam phủ có nguồn gốc không chỉ của người Kinh, mà còn của các dân tộc thiểu số ở Việt Nam như người Mường, Tày, Nùng, Dao, v.v. Về cơ bản Đạo Mẫu tự có một hệ thống thần linh đông đảo, và các tín đồ thường chỉ tập trung thờ tự và sinh hoạt tín ngưỡng xoay quanh các vị này, chủ chốt và cao nhất là Ngọc Hoàng Thượng đế, Tam Tòa Thánh Mẫu, rồi thấp dần là các hàng Quan lớn, Chầu bà, Ông Hoàng, Cô và Cậu, Ngũ Hổ và Ông Lốt,... và cả các thần linh địa phương như một số Chúa bà, Cô bé,... Danh sách các vị thần gồm:
- Ngọc Hoàng Thượng đế là vị Thánh cao nhất trong đạo Mẫu, có ban thờ riêng trong các đền và phủ thuộc tín ngưỡng thờ Mẫu. Đứng hai bên ngài là Quan Nam Tào và Quan Bắc Đẩu. Tuy nhiên, cũng có nơi không có ban thờ Ngọc Hoàng Thượng đế.
- Tam tòa thánh mẫu: Mẫu Thượng Thiên, Mẫu Thượng Ngàn, Mẫu Thoải. Riêng trong tín ngưỡng người Mường thì lại thờ Tam vị chúa Mường: Đệ nhất Lê Mại Đại Vương, Đệ Nhị Diệu Tín Thiền Sư, Đệ Tam Diệu Nghĩa Thiền Sư.
- Hàng Quan: Quan đệ nhất thượng Thiên, Quan đệ nhị giám sát thượng ngàn, Quan đệ Tam Thoải Cung, Quan đệ Tứ khâm sai, Quan đệ ngũ Tuần tranh, Ngoài ra còn có Quan lớn Điều Thất, Quan Hoàng Triệu Tường, Quan lớn Đệ Bát Đồng Bằng Sông Diêm. Các vị Quan hay được hầu là Quan đệ Nhị, Quan đệ Tam, Quan đệ Ngũ
- Hàng Chầu bà: Chầu đệ nhất thượng thiên, Chầu đệ nhị thượng ngàn, Chầu đệ tam thoải cung, Chầu đệ tứ khâm sai, Chầu Năm Suối Lân, Chầu Lục cung nương, Chầu Bảy Kim Giao (Chầu Bảy Tân La), Chầu Bát Đông Cuông, Chầu Cửu Sòng Sơn, Chầu Mười Đồng Mỏ, Chầu Bé Bắc Lệ, Chầu Bà Thủ Đền Các vị Chầu phổ biến hay hầu bóng gồm Chầu đệ nhị, Chầu Đệ Tứ, Chầu Lục, Chầu Mười, Chầu bé. Ngoài ra còn một số vị Chầu khác cũng có hát văn, nhưng về cơ bản ít được hầu bóng, hoặc là chỉ ởmột địa phương.
- Hàng ông Hoàng: Hoàng Cả, Hoàng đôi , Hoàng Bơ Thoải Cung, Hoàng Tư, Hoàng Năm, Hoàng Lục Thanh Hà, Hoàng Bảy Bảo Hà, Hoàng tám Bát Nùng, Hoàng Chín Cờn Môn, Hoàng Mười Nghệ An. Các giá Hoàng thường ngự đồng là Hoàng Bơ, Hoàng Bảy, Hoàng Mười
- Hàng Cô -: Cô Nhất Thượng Thiên, Cô đôi thượng ngàn,, cô Bơ thoải cung, cô Tư Tây Hồ, cô Năm Suối Lân, cô Sáu Lục Cung, cô Bảy Kim Giao (Cô Bảy Tân La), cô Tám đồi chè, Cô Chín Sòng Sơn, Cô Mười Mỏ Ba, Hội đồng các cô Bé: cô Bé thượng ngàn, cô Bé Đông Cuông, cô Bé Suối Ngang,... Các cô hay ngự đồng là Cô Đôi Thượng Ngàn, Cô Bơ Thủy Cung, cô Chín Đền Sòng, Cô Bé Thượng Ngàn
- Hàng cậu: Cậu Cả, Cậu Đôi, cậu Bơ, Cậu hoàng bé bản đền, Cậu Bé Đồi Ngang
- Hàng Ngũ Hổ ông Lốt: Tức là năm ông hổ tượng trưng ngũ hành, và Lốt (Thuồng Luồng)
Ngoài ra cũng có nhiều vị khác được hát văn ca ngợi, và có hầu một số vị Chúa bà như Chúa Thác Bờ Các thần linh kể trên là các thần linh phổ biến nhất, được đông đảo con nhang đệ tử của Đạo Mẫu công nhận thờ phụng, ngoài ra còn một số vị khác ở địa phương, cũng được đưa vào hầu bóng, thường là các Cô bé.
